داستان بازی هزار سنگر روایتی از مقاومت مردم شهر آمل در مقابل گروهک منافقین است. هزار سنگر در سبک تیراندازی اول شخص است و در قالب پنج مرحله‌ی متنوع جنگلی، روستایی و فضای شهری آمل دنبال می‌شود. محوریت بازی بر دو شخصیت مثبت و دو شخصیت منفی است که فرماندهی دو جناح را برعهده دارند. علی و ایمان در کنار هم با کمک نیروهای بسیجی به مبارزه با گروهک سربداران می‌روند که تحت فرماندهی کاک اسماعیل و کاک محمد هستند. گروهک سربداران با سردادن ندای آزادی و شعارهای این‌چنینی، سعی در فریب مردم روستا دارند.